Bondy byl svým filozofickým přesvědčením marxista a hlásil se k tomu jak v době, kdy marxismus diskreditovali ti, kdo z něj udělali vládnoucí filozofii a zároveň ho dosti překroutili, tak i v době, kdy naopak vyšel z módy (do níž se dostal v politice liberalismus a ve filozofii postmoderna) a byl pokládán málem za sprosté slovo. Nestavěl se ale přitom k marxismu nekriticky.

Už ve své první próze 2000 hovořil o tom, že jeho problémem je přílišný důraz na stát, proti kterému postavil některé myšlenky z anarchismu a utopického socialismu. Později rovněž došel k závěru, že marxismus neodpovídá na některé filozofické otázky a obrátil se proto k východním filozofiím (napsal mimo jiné dějiny čínské a indické filozofie a knihu o Buddhovi).

V politické analýze i praxi ovšem Bondy vychází z marxismu. Podobně jako u některých jiných marxistů tak představuje v jistém smyslu rozpor mezi cílem, kterým mu je osvobození člověka, a mezi prostředky, které nachází v diktatuře. U Bondyho, který je svobodomyslným umělcem a diktaturu prožil na vlastní kůži, se tento rozpor někdy projevuje jako na učebnicovém příkladu.

A projevuje se to nejen tím, že si nachází slova podpory pro mnohé - od levicových křesťanů, KSČM přes ekology až po anarchisty (a alespoň pro pisatele těchto řádků jsou tato slova podpory čímsi jako živou vodou). Výsledkem je i to, že často tvrdí, že kapitalismus může svrhnout jen tvrdá a dlouhá diktatura - a zároveň dodává (v próze Týden v tichém městě):

"Jestliže tohle vím a nic proti tomu nemohu namítnout, nemohu současně neodmítnout to všechno předem jako něco, proti čemu bude třeba opět znova revoltovat a bojovat. Zbavit se kapitalismu, znemožnit jeho obnovení, je pro záchranu lidstva bezprostřední úkol. Ale zápolení o osvobození člověka a skutečnou svobodu začne teprve potom.

To, k čemu dojde po odstranění kapitalismu —jestliže by se nám to vůbec podařilo —, bude velmi nepříjemné období. Zejména pro nás, kteří jsme vyrostli v tzv. západní tradici. Bude trvat staletí, než se vůbec opět zmůžou lidi k něčemu jako uvědomělý odpor. Po tato staletí, kdybych měl být celou tu dobu živ, bych nepřestal revoltovat dál." A dále: "Chcete-li... dejte mne do škatulky k anarchistům. Nic proti tomu nemám."